Організовано у 2007 р. шляхом об'єднання підрозділу хірургічної гастроентерології з відділенням ендоскопічної діагностики і втручань під ультразвуковим контролем. В різний час завідувачами відділення хірургічної гастроентерології були: Фадєєв Г.Д. (1973-78 рр.), Татарович В.В. (1978-81 рр.), Александров П.П. (1981-89 рр.), Фомін В.Л. (1989-97 рр.), Беспалько М.М., завідувач об'єднаного хірургічного відділення, до складу якого ввійшли загальнохірургічне та гастрохірургічне відділення (1997-99 рр.). З 2000 р. відділення очолює Пустовойт П.І. 
В 1980 р. у складі відділення хірургічної гастроентерології був відкритий ендоскопічний кабінет, а в 1981 р. - кабінет ультразвукової діагностики. З 1992 р. обидва кабінети об'єднані у окреме відділення ендоскопічної діагностики і втручань під ультразвуковим контролем (завідувачі - Мельниченко Ю.О. (1992-96 рр.), Герасимов Д.В. (1996-2007 рр.)). З того часу діяльність гастроентерохірургічної служби нерозривно пов'язана з упровадженням нових малоінвазивних методів діагностики і лікування при важких механічних жовтяницях, гострому панкреатиті, ехінококозі, абсцесах і кістах органів черевної порожнини, шлунково-кишкових кровотечах, ускладненнях після холецистектомії в інших лікувальних закладах (ятрогенне ушкодження жовчних проток і т.п.). 
Лікарі відділення застосовують сучасні лікувально-діагностичні методики: ендоскопічна ретроградна холангіопанкреатографія, папілосфінктеротомія, видалення конкрементів з жовчних проток, назобіліарне дренування, дилятація балоном пухлинних і доброякісних звужень жовчних проток, установка біліарних ендопротезів, ендоскопічне видалення доброякісних пухлин дуоденального сосочка, фіброхолангіоскопія, зовнішньо-внутрішнє дренування біліарного тракту, тонкогольчата біопсія органів черевної порожнини, щитовидної, передміхурової залози під ультразвуковим контролем, пункційне дренування кіст, абсцесів, жовчних проток, мисочок нирок, ендоскопічна зупинка кровотечі з верхніх відділів шлунково-кишкового тракту (діатермокоагуляція, ендоскопічне лігування, ін'єкції гемостатиків, склерозуюча терапія, пломбування розширених вен стравоходу), ендоскопічне видалення поліпів стравоходу, шлунку, дванадцятипалої кишки, товстої кишки, дилятація звужень стравоходу, воротаря, анастомозів, установка ендопротезів, видалення сторонніх тіл зі стравоходу, шлунку, ендоскопічна цістогастростомія при кістах пішлункової залози.
У відділенні малоінвазивної хірургії широко застосовуються ефективні операції на органах гепатопанкреатобіліарної зони, стравоході, шлунку, кишковику та інших органах, у т.ч. відеолапароскопічні операції при жовчно-кам`яній хворобі, грижі стравохідного отвору діафрагми, морбідному ожирінні, гастроезофагорефлюксній хворобі. Накопичено великий досвід алогерніопластики при гігантських вентральних грижах.
Співробітники відділення проводять велику лікувально-консультативну роботу в районах області як куратори і як виїзні консультанти по лінії Центру екстреної медичної допомоги і медицини катастроф.
На базі відділення здійснюють лікувально-консультативну роботу 2 професори кафедри хірургії №1 ОДМУ (Грубнік В.В. (завідувач кафедрою), Міщенко В.В.), 4 доценти, 12 лікарів. Проходять навчання інтерни, клінічні ординатори.
Показники роботи відділення за 2007 р.:
- кількість пролікованих хворих - 1763;
- кількість операцій - 1511;
- хірургічна активність - 85,7;
- середня тривалість перебування хворого - 7,47 дня;
- обіг ліжка - 43,83;
- післяопераційна летальність - 1,09%.
Щорічно у відділенні виконується близько 1600 ендоскопічних лікувально-діагностичних маніпуляцій і 1500 малоінвазивних втручань і досліджень під ультразвуковим контролем.  |
